天正7年（1579年）、伊勢の出城構築を伊賀の国人に妨害されて立腹した織田信雄は独断で伊賀国に侵攻し、大敗を喫した。信長は信雄を厳しく叱責するとともに、伊賀国人への敵意をも募らせた（第一次天正伊賀の乱）。そして天正9年（1581年）、信雄を再び総大将とし、6万の軍勢で伊賀を攻略。伊賀は織田家の領地となった（第二次天正伊賀の乱）。
天正7年（1579年）、信長は徳川家康の嫡男・松平信康と、信康の生母の築山殿に対し切腹を命じた。理由は信康の12か条の乱行、築山殿の武田勝頼への内通などである。徳川家臣団は信長恭順派と反信長派に分かれて激しい議論を繰り広げたが、最終的に家康は2人を自害させた（これに関しては異説もある）。
天正8年（1580年）8月、信長は譜代の老臣・佐久間信盛とその嫡男・佐久間正勝に対して折檻状を送り付け、本願寺との戦さに係る不手際を理由に追放処分とした。さらに、古参の林秀貞と安藤守就も、かつてあった謀反の企てや一族が敵と内通したことなどを蒸し返して、これを理由に追放した。
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