日本では警察（公安警察）や法務省に属する公安調査庁などが、国内のスパイ活動・テロ活動や、極右活動・極左活動などに対して調査活動を行っている。
公安警察では警察庁警備局が立案・企画を担当、警視庁公安部を筆頭に、各道府県警の警備部が実務の調査活動をする。他には海上関係の公安情報については海上保安庁警備救難部警備課情報調査室が情報収集に当たっている。
信書の開封や盗聴などの非合法捜査や、「転び公妨」などが問題になったことがあり、盗聴に関しては、神奈川県警が日本共産党国際部長宅の電話通話を盗聴していた日本共産党幹部宅盗聴事件が1986年11月に発覚、国と県に損害賠償を命じる判決が確定している。
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また、北朝鮮問題など、近隣諸国における安全保障問題については警察・公安調査庁の他にも、防衛省情報本部（旧・統合幕僚会議第二幕僚室ほか）や、内閣官房の内閣情報調査室、外務省の国際情報統括官組織などが情報収集に当たっている。
自衛隊海外派遣に際して、陸上自衛隊の中央情報隊隷下の『現地情報隊』が、先遣隊として、現地に派遣され、ヒューミントで、情報収集にあたる。
2007年6月、陸上自衛隊情報保全隊が、自衛隊を『敵視している』と看做す個人・団体に対する周辺調査活動を秘密裏に行なっていた事が発覚し、問題になった（情報保全隊の市民活動監視問題）。